حصلت كلية الطب بالقوات المسلحة على شهادة الأيزو 21001 لسنة 2018 نظام إدارة الموسسات التعليمية الخاص بمراجعة كل العمليات المتعلقة بجودة العملية التعليمية، كما حصلت على شهاده الأيزو 22000 لسنة 2018 نظام إدارة سلامة الأغذية الخاص بمراجعة جميع العمليات الخاصة بتصنيع الأغذية،
طبقا لمعايير ومتطلبات مواصفة الأيزو الدولية.
وفي سياق متصل، جددت الكلية شهادات الأيزو التي سبق الحصول عليها وهي الأيزو 9001 لسنة 2015 نظام إدارة الجودة، والأيزو 14001 لسنه 2015 نظام إدارة البيئة، والأيزو 45001 لسنة 2018 نظام إدارة السلامة والصحة المهنية.
وأكد اللواء طبيب ايمن محمد شوقي مدير كلية الطب بالقوات المسلحة حرص القيادة العامة للقوات المسلحة على توفير الإمكانات لتطوير المنظومة التعليمية والبحثية داخل الكلية بما يمكنها من آداء مهامها في تخريج أجيال من الضباط الأطباء في مختلف التخصصات تحقيقاً لروية مصر 2030 بتقديم تعليم ذو جودة متميزة في مختلف التخصصات الطبية، ومواكبة كل ماهو جديد في علوم الطب الحديثة.