حول العلاقة المالية والقانونية بين المعهد والجامعة، يقول عميد المعهد، الدكتور عمرو أمين إن «الوزير مصطفى مسعد طلب تقريرا بذلك، وتم إرساله فى خطاب إلى الوزارة على هيئة تقريرين»، وحصلت «الشروق» على نسخة منهما، حيث تضمن الشق المالى، التأكيد على أن المعهد صرف 20 مليونا و559 ألف جنيه على الجامعة من ميزانيته الخاصة، بناء على موافقة الدكتور مصطفى ثابت، ولم تسدد منها الجامعة سوى 550 ألف جنيه. وكشف التقرير أن المبالغ التى صرفها المعهد على الجامعة، انقسمت إلى 16 مليونا و195 ألف جنيه لشراء معامل وتجهيزات وأثاث، و4 ملايين و345 ألف جنيه مكافآت إشراف على الجامعة، فيما أشار مدير عام الشئون القانونية بالمعهد، إلى أن الجامعة لم تقم بسداد قيمة أى قسط عما تم التنازل عنه لها حتى الآن، مضيفا أنه بعد ثورة 25 يناير وتغيير إدارة المعهد، أقامت الإدارة دعوى قانونية برقم 501 لسنة 2011 مدنى كلى بلبيس ضد ثابت وعثمان، «وسبق إرسال بيان المديونية إلى الجامعة لسداد مديوناتها، ولم نتسلم أى رد حتى تاريخه».
وأوضح التقرير أن ثابت استصدار قرارا من مجلس إدارة جمعية تنمية المجتمعات العمرانية الجديدة، فى 15 سبتمبر 2009، وقرارا من الجمعية العمومية للجمعية، مالكة المعهد، فى 16 نوفمبر من نفس العام، وقرارا من مجلس إدارة المعهد، بجلسة 24 أكتوبر، بالتنازل عن مساحة 73 ألف متر مربع، ومبنى المعامل والمدرجات، ومبنى التسجيل، لصالح الجامعة المملوكة له ولأفراد أسرته، على أن يتم سداد قيمتها للمعهد بالتقسيط على عشرة أقساط سنوية، دون عرض الأمر على وزارة التعليم العالى، بصفتها الجهة المختصة، أو اتباع الإجراءات القانونية فى هذا الشأن، وهى تنازلات محل طعن عليها أمام القضاء، وفقا لما جاء فى الموقف القانونى بالتقرير.
وفى الشق الثانى من التقرير، الخاص بالموقف القانونى، والموقع من مدير عام الشئون القانونية فى المعهد، والمتعلق بالدعوى القضائية رقم 861 لسنة 2011 إدارى أول العاشر من رمضان، والمنظورة حاليا أمام خبراء الكسب غير المشروع، للنظر فى المخالفات المالية المنسوبة لثابت، أشار التقرير إلى أنه استغل أموال المعهد فى إنشاء الجامعة البريطانية، بدفع مبلغ 21 مليون جنيه، وشراء معامل لجامعة العاشر من رمضان بقيمة بمبلغ 14 مليون جنيه.
وكانت إدارة المعهد أقامت دعوى قضائية فى 2011 ضد الدكتور محمد عثمان، بصفته نائب رئيس الجامعة، وضد مصطفى ثابت بصفته رئيس مجلس الأمناء، ببطلان عقود التنازل عن أرض ومبانى المعهد لصالح المعهد، لأن مصطفى ثابت قام بصفته عميدا للمعهد فى 2009، بالتنازل عن 73 ألف متر مربع للجامعة، منحتها له الدولة بأسعار زهيدة، رغم أنه أحد المساهمين فى الجامعة.