حطّت الطائرة الهليكوبتر العسكرية، التي تقل جثمان قداسة البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية في المهبط المخصص لها، الواقع على نحو أربعة كيلومترات من دير الأنبا بيشوي بوادي النطرون، حيث مرقد جثمان قداسة البابا في مسكنه في الدير.
وكان محافظ البحيرة، اللواء مختار الحملاوي، في استقبال جثمان قداسة البابا، ورافق الجثمان من القاهرة إلى وادي النطرون اللواء حمدي بدين، قائد الشرطة العسكرية وعدد من قيادات القوات المسلحة ورجال الدين الإسلامي والمسيحي، وانتهت الاستعدادات في دير الأنبا بيشوي لاستقبال جثمان البابا شنودة وقد توافد الآلاف على الدير منذ صباح اليوم، بالرغم من قرار المجمع المقدس بحظر الزيارة.
ولم يكمل عدد كبير من الأساقفة الصلوات على الجثمان في القاهرة، واكتفوا بالصلوات التي أقيمت في وقت مبكر، حتى يتمكنوا من التوجه إلى الدير والتحضير لمراسم الدفن، كما انتقلت إلى الدير فرق الكشافة وكورالات الكنيسة للقيام بعزف الموسيقى الجنائزية والتراتيل والألحان الحزينة لحظة مراسم الدفن.
وقد شهد شارعا رمسيس وصلاح سالم ازدحامًا كبيرًا وشللا مروريًا؛ بسبب إصرار الآلاف على مرافقة جثمان البابا شنودة، لحظة خروجه من الكاتدرائية بالعباسية، متجهًا في عربة مدرعة إلى قاعدة الماظة الجوية، تمهيدًا لنقله إلى وادي النطرون بطائرة عسكرية.