وافق الأنبا باخوميوس القائم مقام البطريرك على بناء متحف كبير لمقتنيات البابا شنودة الثالث، فى دير الأنبا بيشوى بصحراء وادى النطرون.
كما وافق الأنبا باخوميوس على نقل الجثمان إلى مزار جديد مجاور للمتحف أوسع من المزار القائم، على أن يكون افتتاحه فى الذكرى السنوية الأولى لرحيل البابا.
جاء ذلك بمبادرة من عدد من أعضاء المجمع المقدس، وبموافقة الأنبا صرابامون رئيس دير الأنبا بيشوى بوادى النطرون.
يضم المتحف بعض الملابس الكهنوتية الخاصة بالبابا، وعصاه التى يستخدمها فى كل تحركاته، إلى جانب شهادات الدكتوراه الثمانى التى حصل عليها من عدة جامعات دولية، وبعض الجوائز المهمة منها جائزة اليونسكو من فرنسا، وجائزة حقوق الإنسان من ليبيا.
ويضم المتحف آلاف الصور الفوتوغرافية، التى جمعته بكبار رجال الدولة وعدد من الشخصيات العالمية، مثل الرئيس الأسبق جيمى كارتر، والرئيس الأمريكى الحالى باراك أوباما، وعدد من الرؤساء العرب.
وسوف يكون المدفن الجديد بمثابة مزار كبير يسمح للآلاف من محبيه بزيارته دون ازدحام.