يعتبر معبد فيلة الذي بدأ تشيده في عهد الملك بطليموس الثاني، وساهم في بناءه العديد من الملوك البطالمة، والذي خصص لعبادة الإلهة إيزيس، هو المعبد الرئيسي في الجزيرة، بالإضافة للعديد من المعابد منها معبد حتحور، ومعبد حورس.
وترجع أقدم الآثار المعروفة بمعابد جزيرة فيلة إلى عهد الملك "طهرقا" أحد ملوك الأسرة الخامسة والعشرون.
* أزمة غرق تهدد المعابد:
منذ إكمال بناء سد أسوان الأول عام 1902م، ومياه النيل تحاصر معبد وجزيرة فيلة معظم السنة، بما تضمه من مخزون أثري ثمين، ومع قرب الانتهاء من بناء السد العالى، في عهد الرئيس الراحل جمال عبد الناصر، عام 1960م، تفاقم الوضع.
- أصبحت الجزيرة وما عليها من آثار مهددة بالغرق بالكامل وإلى الأبد، الأمر الذي جعل الحكومة المصرية تجري مباحثات لإنقاذ معابد فيلة من مخاطر إرتفاع منسوب المياه.
- قررت الحكومة المصرية في مايو 1968، نقل هذه المجموعة من المعابد بما فيها معبد فيلة، وإعادة بنائها فوق الجزيرة المجاورة "أجيلكا" علي بعد 600 متر من جزيرة فيلة، ولتنفيذ هذا المشروع كان علي الحملة توفير ثلثي تكلفة المشروع، فقررت عرضه علي منظمة اليونسكو، والتي قررت بدورها أن تطلق يوم 22 سبتمبر 1968، نداءً عالميا لإنقاذ آثارالنوبة.
*مراحل مشروع إنقاذ معابد فيلة:
-بدأ العمل في أعمال التصوير والرسم الأثري، في عام 1972م، وفي عام 1974م، تم بناء سد معدني مؤقت مكون من صفين من ألواح الصلب، حول الجزيرة، فرغت بينهما مليون متر مكعب من الرمال، لمنع تدفق المياه إلي داخل الجزير.
- تم تم فك ونقل جميع الكتل الأثرية لمعابد فيلة، وكانت حوالي 4200 كتلة أثرية، إلي جزيرة "أجيلكا"، في عام 1977م، وأخيرًا تم الانتهاء من نقل وبناء أجزاء معابد فيلة وإعادة تركيبها بدقة، وصون نقوشها التي ذابت معظمها، وافتتاحها أمام الزوار في عام 1980م.