تحتوى الأمعاء خاصة الغليظة (القولون) على عدد لا نهائيا من الباكتيريا النافعة التى تعاون فى هضم الطعام وتصنيع الفيتامينات وحماية جدران الأمعاء. لكنها أيضا تحتوى على مجموعة أخرى من الباكتيريا الضارة التى تنتهز أى لحظة ضعف فى مناعة الإنسان لتنقض عليه محدثة العديد من التأثيرات المرضية.
تتعايش الباكتيريا النافعة والضارة معا فى الأمعاء فى توازن يضمن أمنا لعمل الأمعاء وحركتها إلى أن يجد جديد يخل بهذا التوازن لصالح أحد الفريقين فتبدأ المعركة وتظهر الأعراض.
حينما يكون على الإنسان أن يتناول المضادات الحيوية لعلاج مرض ألم به نتيجة غزو ميكروب خارجى فى أى مكان من جسده فإن أول ما يتأثر هو مجتمع الباكتيريا الذى يعيش فى القولون.
يتجه المضاد الحيوى لهدفه لكنه فى الوقت ذاته يصل للأمعاء ليدمر تجمعات الباكتيريا لا يميز منها النافع أو الضار فيختل الميزان غالبا لصالح الباكتيريا الضارة التى تنتشى وتبدأ فى سباق التكاثر لإنتاج السموم التى تتأثر بها جدران الأمعاء. غالبا ما تكون من نوع الكلوسترديم دفيسيل Clostridium difficile أول أعراض تأثر الأمعاء بسموم الباكتيريا هو الإسهال فى نوبات متكررة ترتبط بضراوة السموم فقد تبدأ الأعراض بعد فترة قصيرة للغاية من تناول المضاد الحيوى أو فيما بعد لفترة قد تصل لأسابيع ستة.
من أهم المضادات الحيوية التى قد ينتج عرض الإسهال من استعمالها الأمبيسيلين خاصة ومجموعة البنسلين عامة. أيضا السيفالوسبورين والامينوجلوكوزايدز Ampicillin Pencillins, Cephalosporin and aminoglycosides التوقف عن تناول المضاد الحيوى واستبداله بآخر حل ممكن إذا ما كانت نوبات الإسهال قاسية ويصاحبها أعراض أخرى كارتفاع الحرارة أو تقلصات الأمعاء المؤلمة. أما إذا كان من الممكن احتمالها فيجب مراعاة الشروط الصحية الواجبة للنظافة العامة وتعويض السوائل المفقودة بشرب العصائر المختلفة والماء والحساء وقد يضر كثيرا تعاطى أدوية الإسهال إذ إن هذا إسهال من نوع خاص تكفى معه الراحة والأغذية الخفيفة.